Nicht alles, was jugendgefährdend ist, darf ohne weiteres indiziert werden. § 18 Ab. 3 JuSchG enthält Ausnahmetatbestände, die im Rahmen eines Indizierungsverfahrens zu beachten sind. So dürfen Medien nicht allein wegen ihres politischen, sozialen, religiösen oder weltanschaulichen Inhalts indiziert werden, auch wenn sie jugendgefährdend sind.
Ergibt sich die Jugendgefährdung jedoch aus anderen Gesichtspunkten, steht einer Indizierung nichts im Wege.
Verfassungsfeindliche Medieninhalte genießen den Schutz der Klausel nicht, da sie dem Grundgesetz zuwiderlaufen. Sie dürfen demnach auch dann indiziert werden, wenn sich die Jugendgefährdung ausschließlich aus ihrer politischen Aussage ergibt. Das betrifft vor allem neonazistische Propaganda.
Des weiteren können Kunst, Wissenschaft, Forschung und Lehre den Vorrang vor dem Jugendschutz beanspruchen. Zur Kunst haben die höchsten Gerichte mehrfach Stellung genommen und dabei ihre Ansicht zu der Frage, wie Kunst und Jugendschutz miteinander zu vereinbaren sind, wiederholt geändert. Die aktuellste Aussage zum Verhältnis Kunst - Jugendschutz ist der Mutzenbacher-Entscheidung des Bundesverfassungsgerichts vom 27.11.1990 zu entnehmen: Kunst ist danach das Ergebnis freier schöpferischer Gestaltung, in der Eindrücke, Erfahrungen und Phantasien des Künstlers zu unmittelbarer Anschauung gebracht werden. Dies ist unmittelbarer Ausdruck der Persönlichkeit des Künstlers. Die Kunstfreiheit umfasst auch die Wahl eines jugendgefährdenden, z.B. Gewalt und Sexualität aufgreifenden Inhalts sowie dessen Verarbeitung nach der von dem Künstler selbst gewählten Darstellungsart.
Ob der Kunst der Vorrang vor dem Jugendschutz eingeräumt werden muss oder ob die Jugendgefährdung so schwer ist, dass die Kunstfreiheit dahinter zurücktreten muss, ist eine Frage der Abwägung beider Rechtsgüter. Bei der Kunst ist in diesem Zusammenhang eine werkgerechte Interpretation vorzunehmen. Dabei sind der künstlerische Wille der Urheberin/des Urhebers, die Gesamtkonzeption des Werkes und seine Gestaltung im einzelnen zu beachten. Allerdings sind neben der werkgerechten Interpretation auch die realen Wirkungen eines Kunstwerkes zu berücksichtigen: Minderjährige können etwa ein Werk anders verstehen, als Erwachsene es tun.
Ist im Ergebnis der Kunst der Vorrang einzuräumen, so ist eine Indizierung trotz Jugendgefährdung nicht zulässig. Überwiegt dagegen die Jugendgefährdung, so darf das Kunstwerk indiziert werden.
Grundsätzlich ist alles von einer Indizierung ausgenommen, was Wissenschaft, Forschung und Lehre dient. Hierauf berufen sich vor allem Autorinnen und Autoren, denen es darum geht, die Ursachen des Zweiten Weltkrieges unrichtig darzustellen, bzw. die NS-Verbrechen zu verherrlichen, zu verharmlosen oder zu leugnen. Der Wissenschaft, Forschung und Lehre dient ein Medium aber nur dann, wenn in ihm das Wesentliche erfasst, sorgfältige Beobachtungen angestellt und Tatsachen genau wiedergegeben werden.
Wie Kunst, Wissenschaft, Forschung und Lehre kann auch das öffentliche Interesse Vorrang vor einer Indizierung beanspruchen. Das ist z.B. der Fall, wenn es sich um etwas handelt, über das die Allgemeinheit informiert sein sollte oder wenn die Allgemeinheit um Mithilfe zur Aufklärung von Verbrechen gebeten wird und die Darstellung in Form einer Berichterstattung erfolgt.